天然蜂蜜的保存期很长，一是它的糖分很高，抑制了微生物的产生;二是蜂蜜中有酶等特殊酶，会抑菌。自然蜂蜜储存时间越长，水分就会蒸发，糖会逐渐结晶，变成白砂状。天然蜂蜜在常温下保存的最长时间可达2年。
商品蜂蜜的保质期取决于商家的标注。喝料酒、食盐、固体糖类、味精、食醋，不含蜂蜜的酒精是GB7718豁免保质期的。因此商品蜂蜜必须标明保质期。
货架期的长短并没有具体的标准，而是商家根据具体产品的特性来保证产品的品质，在保质期内食用出现质量问题，由商家负责，过保质期后商家不能再销售，而消费者自己放到过期后的后果自负。
超级市场出售的许多蜂蜜并非100%的纯蜂蜜，通常是添加蔗糖或果葡糖浆，经过一定的标准配方熬制(热杀菌)而成，密封条件下常温保质期一般在18-24个月。加热后的蜂蜜加工不会杀死微生物繁殖体，如芽孢、孢子等，在条件适宜时仍可萌发，尤其是抗渗透性的酵母和霉菌，会使蜂蜜变酸，也会产生毒素，失去实用价值。
