游戏中的宝可梦对战采用的是回合制的方式，每回合的实际行动顺序以双方所采用的命令的优先度和双方宝可梦的速度为判断标准。开始战斗后，屏幕的右下方会浮现出四个选项，分别为“战斗”、“道具”、“宝可梦”、“逃走”。战斗，玩家指示自己的宝可梦来战斗；道具，玩家使用身上带着的各类道具；宝可梦，玩家查看同行宝可梦的信息或换下当前战斗的宝可梦；逃走，逃离宝可梦对战，但在与训练家对战时无法逃跑。
